Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов Full article
| Journal |
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ
ISSN: 0869-8538 , E-ISSN: 1817-1818 |
||||
|---|---|---|---|---|---|
| Output data | Year: 2023, Volume: 31, Number: 6, Pages: 665-670 Pages count : 6 DOI: 10.15372/KhUR2023512 | ||||
| Tags | дисперсия ядерной спиновой релаксации, додекамер Дрю–Дикерсона, ДНК, динамика пар азотистых оснований | ||||
| Authors |
|
||||
| Affiliations |
|
Funding (1)
| 1 | Российский Научный Фонд | 21-14-00219 |
Abstract:
Додекамер Дрю–Дикерсона (ДДД) относится к одним из известнейших дуплексов ДНК. Он достаточно хорошо изучен разными структурными методами и является эталоном для разработки новых экспериментальных методик и молекулярно-механических силовых полей. По этой причине информация о динамике ДДД в разных временных шкалах важна для построения более точных структурно-динамических моделей и проведения молекулярно-динамических расчетов длительных временных траекторий, позволяющих моделировать реально протекающие процессы. В работе получена отсутствующая в литературе информация о дина-
мике пар оснований ДДД во временном милли-микросекундном масштабе с помощью метода дисперсии ядерной спиновой релаксации (R1p) иминопротонов. Показано, что для всех пар комплементарных оснований, кроме концевых и предконцевых, динамические процессы в диапазоне метода R1ρ не наблюдаются вплоть до температуры 300 К, а находятся в более быстрой временной шкале. Для предконцевой GC-пары наблюдался выраженный эффект зависимости релаксации R1p от приложенной напряженности поля спин-лока (spin lock), что позволило извлечь информацию о динамике закрытия пары, используя модель быстрого обмена с сильно отличающимися населенностями состояний. Эти данные дополняют информацию о динамике комплементарных пар оснований, полученную ранее методом переноса намагниченности с воды за счет обмена, и делают
картину наблюдаемых процессов в ДДД, связанных с процессом открытия-закрытия пар оснований в ДНК, более полной.
Cite:
Овчеренко С.С.
, Насонов Д.М.
, Шернюков А.В.
, Багрянская Е.Г.
Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. Т.31. №6. С.665-670. DOI: 10.15372/KhUR2023512 РИНЦ
Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. Т.31. №6. С.665-670. DOI: 10.15372/KhUR2023512 РИНЦ
ArticleLinkType.ORIGINAL_TO_TRANSLATED:
OVCHERENKO S.S.
, NASONOV D.M.
, SHERNYUKOV A.V.
, BAGRYANSKAYA E.G.
DYNAMICS OF COMPLEMENTARY BASE-PAIRS OF DREW-DICKERSON DODECAMER ON THE MILLIAND MICROSECOND TIME SCALE ACCORDING TO THE DATA OF NUCLEAR SPIN RELAXATION DISPERSION R1ρ OF IMINO PROTONS
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. V.31. N6. P.646-651. DOI: 10.15372/CSD2023512 WOS РИНЦ
DYNAMICS OF COMPLEMENTARY BASE-PAIRS OF DREW-DICKERSON DODECAMER ON THE MILLIAND MICROSECOND TIME SCALE ACCORDING TO THE DATA OF NUCLEAR SPIN RELAXATION DISPERSION R1ρ OF IMINO PROTONS
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. V.31. N6. P.646-651. DOI: 10.15372/CSD2023512 WOS РИНЦ
Dates:
| Published print: | Dec 15, 2023 |
Identifiers:
| Elibrary | 54976642 |
| OpenAlex | W4404008333 |