Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов

Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов Научная публикация

Журнал

ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ
ISSN: 0869-8538 , E-ISSN: 1817-1818

Вых. Данные

Год: 2023, Том: 31, Номер: 6, Страницы: 665-670 Страниц : 6 DOI: 10.15372/KhUR2023512

Ключевые слова

дисперсия ядерной спиновой релаксации, додекамер Дрю–Дикерсона, ДНК, динамика пар азотистых оснований

Авторы

Овчеренко С.С. ^1,2 , Насонов Д.М. ^1,2 , Шернюков А.В. ¹ , Багрянская Е.Г. ¹

Организации

1	Новосибирский институт органической химии им. Н.Н. Ворожцова СО РАН
2	Новосибирский государственный университет

Информация о финансировании (1)

Российский Научный Фонд

21-14-00219

Додекамер Дрю–Дикерсона (ДДД) относится к одним из известнейших дуплексов ДНК. Он достаточно хорошо изучен разными структурными методами и является эталоном для разработки новых экспериментальных методик и молекулярно-механических силовых полей. По этой причине информация о динамике ДДД в разных временных шкалах важна для построения более точных структурно-динамических моделей и проведения молекулярно-динамических расчетов длительных временных траекторий, позволяющих моделировать реально протекающие процессы. В работе получена отсутствующая в литературе информация о дина- мике пар оснований ДДД во временном милли-микросекундном масштабе с помощью метода дисперсии ядерной спиновой релаксации (R1p) иминопротонов. Показано, что для всех пар комплементарных оснований, кроме концевых и предконцевых, динамические процессы в диапазоне метода R1ρ не наблюдаются вплоть до температуры 300 К, а находятся в более быстрой временной шкале. Для предконцевой GC-пары наблюдался выраженный эффект зависимости релаксации R1p от приложенной напряженности поля спин-лока (spin lock), что позволило извлечь информацию о динамике закрытия пары, используя модель быстрого обмена с сильно отличающимися населенностями состояний. Эти данные дополняют информацию о динамике комплементарных пар оснований, полученную ранее методом переноса намагниченности с воды за счет обмена, и делают картину наблюдаемых процессов в ДДД, связанных с процессом открытия-закрытия пар оснований в ДНК, более полной.

Овчеренко С.С. , Насонов Д.М. , Шернюков А.В. , Багрянская Е.Г.
Динамика комплементарных пар азотистых оснований додекамера Дрю–Дикерсона в милли-микросекундном временном масштабе по данным дисперсии ядерной спиновой релаксации R1p иминопротонов
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. Т.31. №6. С.665-670. DOI: 10.15372/KhUR2023512 РИНЦ OpenAlex

OVCHERENKO S.S. , NASONOV D.M. , SHERNYUKOV A.V. , BAGRYANSKAYA E.G.
DYNAMICS OF COMPLEMENTARY BASE-PAIRS OF DREW-DICKERSON DODECAMER ON THE MILLIAND MICROSECOND TIME SCALE ACCORDING TO THE DATA OF NUCLEAR SPIN RELAXATION DISPERSION R1ρ OF IMINO PROTONS
ХИМИЯ В ИНТЕРЕСАХ УСТОЙЧИВОГО РАЗВИТИЯ. 2023. V.31. N6. P.646-651. DOI: 10.15372/CSD2023512 WOS РИНЦ OpenAlex

Опубликована в печати:

15 дек. 2023 г.

РИНЦ:	54976642
OpenAlex:	W4404008333

Пока нет цитирований